PDI- Dpto de Física Nº 53

PI Nº 53: "Estructura y dinámica de la hidratación de colorantes en presencia de efectores osmóticos."

Directora: Griselda CORRAL
Integrantes:

CAMPO, Mario
FERREYRA, María Victoria
TOMÁS, Kevin
SANTARROSA, Agustín

RESUMEN del PROYECTO: (Máximo 200 palabras)
Proponemos analizar el comportamiento y las características de hidratación de netropsina y proflavina en solución en presencia de sorbitol utilizando técnicas de dinámica molecular. El sorbitol es un polialcohol, que forma parte del grupo de efectores osmóticos. Su presencia en una solución produce modificaciones en los efectos del estrés térmico y salino sobre otras moléculas como proteínas y polímeros. La netropsina presenta propiedades potenciales como antibiótico y antiviral. Además se ha observado que tiene, potencialmente, capacidad como radioprotector contra el daño inducido por radiación ionizante en una solución de ADN. La proflavina es un derivado de la acriflavina, tóxico y cancerígeno. Interactúa con el ADN principalmente por intercalación. La simulación computacional basada en la Dinámica Molecular (MD) ha demostrado fiabilidad para el estudio de problemas relacionados con efectos de la presencia de moléculas en solución. Desarrollaremos los modelos de solutos en la base AMBER, el modelo de moléculas de agua será el SPC/E y utilizaremos el paquete de simulación GROMACS. El objetivo de este trabajo es realizar un aporte al conocimiento destinado a obtener una descripción estadística a escala molecular de la interacción netropsina - sorbitol - agua - iones monovalentes y proflavina - sorbitol - agua - iones monovalentes a diferentes concentraciones. Hipotetizamos que se arribará a una mejora en la descripción a nivel microscópico del fenómeno analizado.

PALABRAS CLAVE: dinámica molecular - netropsina - proflavina - sorbitol - hidratación

ABSTRACT
We propose analyze the behavior and hydration characteristics of netropsin and proflavin in solution in the presence of sorbitol, applying molecular dynamics techniques. Sorbitol is a polyalcohol belongs to the osmotic effectors group, and their presence in a solution produces modifications in the effects of thermal and saline stress that affect other molecules, such as proteins and polymers. Netropsin has antibiotic and antiviral properties, in addition to radioprotective capacities to the damage induced by ionizing radiation on a DNA in solution. Proflavin, a acriflavine derivative, is toxic and carcinogenic, and interacts with DNA primarily by intercalation. Computer simulation based on the molecular dynamics (MD) has demonstrated reliability to study problems related to effects of the presence of molecules in solution. We will be developed models of solutes in the AMBER base, the model of water molecules will be the SPC / E and the GROMACS simulation package will be used. The purpose of this work is to make a contribution to the knowledge intended to obtain a statistical description on a molecular scale of the interaction proflavin / netropsin - sorbitol - water - monovalent ions at different concentrations. We hypothesized that there will be an improvement in the microscopic description of the phenomenon analyzed.

KEYWORDS: molecular dynamics - netropsin - proflavin - sorbitol - hydration